O Campus Campo Novo do Parecis oferece educação superior nas modalidades Bacharelado, Licenciatura e Tecnólogos. No Bacharelado oferta o curso de Agronomia, na Licenciatura o curso de Matemática e no Tecnólogo os cursos de Agroindústria e Processos Gerenciais.
Na modalidade Subsequente é ofertado o curso Técnico em Agropecuária, no Polo do IFMT Campus Campo Novo do Parecis localizado no município de Sapezal, localizado a aproximadamente 160 km.
Para o Ensino Médio são ofertados cursos Técnico em Agropecuária e Técnico em Manutenção e Suporte em Informática, ambos Integrados ao Ensino Médio.
Além disso, o Campus Campo Novo do Parecis oferece o curso Técnico em Administração, na modalidade Proeja - Programa Nacional de Integração da Educação Profissional com a Educação Básica na Modalidade de Educação de Jovens e Adultos.