A Direção Geral, órgão executivo superior do Campus, é exercida pelo Diretor Geral e, em suas faltas e impedimentos, pelo seu substituto legal.
O Diretor-Geral é a autoridade superior do campus, competindo-lhe a supervisão dos programas de ensino, pesquisa e extensão e a gestão das atividades administrativas, dentro dos limites estatutários e regimentais e delegações do Reitor, em conformidade com o Regimento Geral do IFMT.